Stanovení genetického profilu psa

V případě testování genetického profilu preferujeme vzorky krve. Analýza je velice citlivá na kvalitu DNA. Vzorek stěru lze použít, musí být však velmi dobře provedený. Pokud je třeba odběr opakovat z důvodu špatné kvality stěru, laboratoř zákazníkovi účtuje opakovanou analýzu plné výši.

Stanovení genetického profilu znamená určit soubor genetických znaků, které jsou pro daného jedince charakteristické a nezaměnitelné (např. jako otisk prstu). Podle genetického profilu lze jedince jednoznačně identifikovat.

Ke stanovení genetického profilu jsou využívány tandemové repetitivní sekvence (STR). Tyto sekvence, také nazývané mikrosatelity, jsou třídou genetických markerů, sestávajících se z tandemově opakovaných sekvencí o velikosti dvou až sedmi párů bází. Alely STR lokusu se mění podle počtu opakování daného sekvenčního motivu. Kvůli vysoké hladině polymorfizmu (informativity) a Mendelovské dědičnosti se mikrosatelity staly vhodnými genetickými markery pro studium diverzity, testování paternity a vlastní identifikace.

STR alely jsou zjišťovány pomocí multiplexové polymerázové řetězové reakce (PCR-polymerase chain reaction). Jeden z primerů každého páru je na 5´ konci označen fluorecenčním barvivem. Fragmenty jsou rozděleny a detekovány v jediném elektroforetickém střiku, s použitím automatizovaného elektroforetického přístroje.

Z hlediska testování profilů jsou možné dva hlavní přístupy:

markery dle ISAG - international society of animal genetics

markery dle AKC - american kennel club

Tyto dva přístupy se zcela liší ve stanovovaných markerech a jejich výsledky nejsou vzájemně kompatibilní. Například: pokud bude mít jeden z rodič genetický profil podle AKC a potomek podle ISAG, nebude možné porovnáním výsledku stanovit parentitu. Naopak, pokud budou mít oba stanovený profil podle stejného principu, bude možné určit parentitu jen porovnáním výsledků bez nutnosti další analýzy.

Přístup ISAG je v Evropě více zavedený, je doporučovaný FCI, stanovuje více markerů než AKC. Přístup AKC je prosazovaný v Americe.

Genomia pracuje dle ISAG, v letech 2011/2012 se účastní mezinárodních srovnávacích testů ISAG a od února roku 2012 je metoda stanovení genetického profilu psů nově akreditována ČIA dle normy ISO 17025.

Laboratoř garantuje stanovení minimálně 14 z následujících 19 makrerů: AHTk211, CXX279, REN169O18, INU055, REN54P11, INRA21, AHT137, REN169D01, AHTh260, AHTk253, INU005, INU030, Amelogenin, FH2848, AHT121, FH2054, REN162C04 AHTh171 a REN247M23. Tyto markery jsou zahrnuty v doporučeném panelu dle International Society for Animal Genetics (ISAG).