Profil genetyczny alpaki

Profil genetyczny, nazywany również profilem DNA, jest zestawem markerów genetycznych umożliwiających jednoznaczną identyfikację osobnika. Marker genetyczny to specyficzny fragment kodu genetycznego DNA różniący się pomiędzy osobnikami. Profil genetyczny pozostaje niezmienny przez całe życie i nie może zostać sfałszowany ani zniszczony. Wykorzystuje się go do identyfikacji zwierząt, potwierdzania pochodzenia oraz optymalizacji hodowli.

Możliwości wykorzystania profilu genetycznego

Określenie profilu genetycznego stanowi wiarygodną identyfikację zwierzęcia przez całe życie w wielu sytuacjach:

• W przypadku zagubienia lub kradzieży alpaki — Umożliwia potwierdzenie tożsamości odnalezionego lub odzyskanego zwierzęcia.
• W przypadku uszkodzenia lub utraty identyfikacji — Jeśli mikrochip przestanie działać lub inna forma oznakowania zostanie utracona, profil genetyczny pozwala wiarygodnie potwierdzić tożsamość zwierzęcia.
• Podczas reprodukcji i pracy z materiałem rozrodczym — Służy do identyfikacji nasienia lub embrionów.

Profil genetyczny wykorzystuje się również do potwierdzania pochodzenia:

• Do rutynowej kontroli rodowodów lub w przypadku wątpliwości dotyczących pochodzenia — Umożliwia wiarygodne potwierdzenie ojcostwa lub macierzyństwa.
• Do potwierdzania pokrewieństwa — Można zweryfikować rodzeństwo, relacje dziadkowie–wnuki oraz inne powiązania rodzinne. Im więcej spokrewnionych osobników zostanie uwzględnionych w badaniu, tym dokładniejsza jest ocena prawdopodobieństwa pokrewieństwa.

W hodowli profil genetyczny służy jako narzędzie do:

• Doboru optymalnych par hodowlanych — Porównanie profili genetycznych umożliwia wybór odpowiednich kombinacji w celu zachowania różnorodności genetycznej populacji.
• Badań populacyjnych — monitorowania różnorodności genetycznej, heterozygotyczności i inbredu.

Pobieranie próbek

Do badań profilu genetycznego preferowane są próbki krwi. Pobrania dokonuje lekarz weterynarii, który jednocześnie potwierdza tożsamość zwierzęcia poprzez kontrolę mikrochipu lub innej formy identyfikacji. Analiza jest bardzo wrażliwa na jakość DNA. Możliwe jest również wykorzystanie wymazu z błony śluzowej policzka, jednak próbka musi zostać prawidłowo pobrana i przechowywana w przewiewnym opakowaniu w celu dokładnego wyschnięcia.

Metodyka badania

Laboratorium wykorzystuje międzynarodowo uznawane standardy identyfikacji genetycznej oparte na analizie markerów STR (Short Tandem Repeats). Profilowanie DNA nadaje się do identyfikacji osobników, potwierdzania pochodzenia oraz kontroli pokrewieństwa.

Istnieją dwa główne podejścia technologiczne do profilowania genetycznego: STR oraz SNP. Metody te nie są ze sobą kompatybilne i nie mogą być bezpośrednio porównywane.

Profil genetyczny STR

Profil STR opiera się na analizie markerów mikrosatelitarnych — krótkich, powtarzających się sekwencji DNA składających się z dwóch do siedmiu par zasad. Liczba powtórzeń jest indywidualna i dziedziczona po rodzicach, dzięki czemu profile STR są bardzo przydatne w analizie pochodzenia i identyfikacji genetycznej.

Proces analizy STR obejmuje kilka głównych etapów:

• Izolacja DNA — DNA jest ekstrahowane z próbki i stanowi materiał wyjściowy do analizy.
• Amplifikacja PCR — Specyficzne fragmenty DNA zawierające markery STR są namnażane metodą PCR.
• Rozdział fragmentów metodą elektroforezy — Namnożone fragmenty DNA są rozdzielane według długości w polu elektrycznym.
• Detekcja i analiza danych — Fluorescencyjnie znakowane fragmenty DNA są wykrywane za pomocą skanera laserowego.
• Interpretacja wyników — Wynikiem jest unikalna kombinacja markerów identyfikująca konkretnego osobnika.

Porównanie profili STR umożliwia potwierdzenie tożsamości lub pokrewieństwa z bardzo wysoką wiarygodnością.

Lista markerów zawartych w panelu

LCA5, LCA8, LCA19, LCA37, LCA56, LCA65, LCA66, LCA94, LCA99, LGU49, LGU50, YWLL44, YWLL29, YWLL40.