Локус E — фактор рыжей масти

Доминантный аллель E (генотипы EE или Ee) гена MC1R обеспечивает образование эумеланина, тогда как рецессивный аллель e препятствует его образованию. Генотип ee (рецессивная гомозигота) отвечает за чёрную окраску и позволяет образовываться феомеланину. Чёрный пигмент шерсти лошади может распространяться по всему телу — в этом случае лошадь имеет вороную масть. При частичном распространении чёрного пигмента на гриву, хвост и нижние части конечностей лошадь имеет гнедую масть. На полное или частичное распространение чёрного цвета по телу влияет эпистатическое (вышестоящее) действие другого гена A (agouti). Фенотипы EE и Ee отвечают за вороную, тёмно-гнедую и гнедую масть. Фенотип ee отвечает за различные оттенки рыжей масти — от тёмного до светлого.

Для бельгийских тяжеловозов также доступен двойной тест, включающий анализ обоих вариантов гена MC1R.