Genetický profil alpaky

Genetický profil, někdy označovaný jako DNA profil, je soubor genetických markerů, které umožňují jednoznačnou identifikaci jedince. Genetický marker je specifická část genetického kódu DNA, která se liší mezi jednotlivými jedinci. Genetický profil je neměnný po celý život a nelze ho zfalšovat či zničit. Využívá se k identifikaci jedince, ověřování rodičovství a příbuzenských vztahů nebo k optimalizaci chovu.

Možnosti využití genetického profilu

Stanovení genetického profilu slouží jako spolehlivá celoživotní identifikace v mnoha případech:

• Při ztrátě či krádeži alpaky — Umožní prokázání identity jedince v případě nalezení ztracené nebo odcizené alpaky.
• V případě nefunkčnosti nebo ztráty identifikace — Pokud dojde k nefunkčnosti mikročipu nebo ztrátě jiné formy označení, lze genetickým profilem spolehlivě prokázat identitu zvířete.
• Při reprodukci a práci s reprodukčním materiálem — Slouží k identifikaci spermatu nebo embryí.

Využívá se také k ověřování rodičovství:

• Pro běžné kontroly rodokmenů nebo při pochybnostech o rodičovství — Slouží ke spolehlivému ověření otcovství nebo mateřství.
• Pro potvrzení původu a příbuzenských vztahů — Lze ověřit sourozenectví, vztah prarodič–vnuk nebo další příbuzenské vztahy. Čím více příbuzných jedinců je do testu zahrnuto, tím přesnější je výsledné hodnocení pravděpodobnosti příbuznosti.

V chovatelství slouží genetický profil jako nástroj pro:

• Výběr optimálního chovného páru — Srovnáním genetických profilů lze vybrat vhodné kombinace jedinců pro zachování genetické rozmanitosti v populaci.
• Populační studie — sledování genetické diverzity, heterozygotnosti a inbreedingu.

Odběr vzorku

V případě testování genetického profilu preferujeme vzorky krve. Odběr provede veterinární lékař a současně potvrdí totožnost jedince kontrolou čipu nebo jiné identifikace. Analýza je velmi citlivá na kvalitu DNA. Vzorek stěru bukální sliznice lze použít také, musí však být velmi dobře odebraný a uložený v prodyšném obalu, aby mohl dokonale oschnout.

Metodika stanovení

Laboratoř používá mezinárodně uznávané standardy genetické identifikace založené na analýze STR markerů (Short Tandem Repeats). Stanovení DNA profilu je vhodné pro identifikaci jedince, ověřování rodičovství a kontrolu příbuzenských vztahů.

Ke stanovení genetického profilu existují dva hlavní technologické přístupy: STR a SNP. Tyto přístupy nejsou vzájemně kompatibilní a nelze je mezi sebou přímo porovnávat.

STR genetický profil

STR (Short Tandem Repeats) genetický profil je založen na analýze mikrosatelitních markerů – krátkých opakujících se sekvencí DNA o velikosti dvou až sedmi párů bází. Počet těchto opakování je individuální a dědí se od rodičů, což činí STR profily velmi vhodným nástrojem pro ověřování rodičovství a genetickou identifikaci.

Proces analýzy STR zahrnuje několik hlavních kroků:

1. Izolace DNA — Ze vzorku se extrahuje DNA, která slouží jako výchozí materiál pro analýzu.
2. Amplifikace pomocí polymerázové řetězové reakce (PCR) — Specifické úseky DNA obsahující STR markery se množí pomocí PCR.
3. Separace fragmentů elektroforézou — Namnožené DNA fragmenty jsou odděleny podle délky v elektrickém poli.
4. Detekce a analýza dat — Fluorescenčně označené fragmenty DNA jsou detekovány laserovým skenerem.
5. Interpretace výsledků — Výsledkem je jedinečná kombinace markerů identifikující konkrétního jedince.

Porovnáním STR profilů lze ověřit totožnost jedince nebo potvrdit příbuzenské vztahy s velmi vysokou spolehlivostí.

Seznam markerů zahrnutých v panelu

LCA5, LCA8, LCA19, LCA37, LCA56, LCA65, LCA66, LCA94, LCA99, LGU49, LGU50, YWLL44, YWLL29, YWLL40.